Eesti hobune on iidse põlvnemisega tõug, mille päritolu kohta puuduvad täpsed andmed. Ta kuulub põhja-metshobuste rühma. Siinsed söötmis- ja pidamistingimised ning karm looduslik valik muutsid eesti hobuse vähenõudlikuks, vastupidavaks ja kasvult väikseks. Kõige vanemad kirjalikud andmed eesti hobuse kohta pärinevad XI sajandist.

Eesti hobust on väga palju välja veetud teistesse riikidesse ja temaga on parandatud paljusid teisi tõugusid. 12.-13. sajandil vedasid Eestist hobuseid välja peamiselt Novgorodi kaupmehed.

13. sajandil kasutati eesti hobust sõjahobusena, eriti palju Põhjasõja ajal toimunud lahingutes. Peeter I hindas seda hobust väga kõrgel ja palju hobuseid viidi Venemaale.

Kuni 18. sajandini oli eesti hobune levinud talupoegade seas Liivi- ja Eestimaa kubermangus. Oma tugeva veojõu, vastupidavuse ja vähenõudlikkuse tõttu omandas ta ülevenemaalise kuulsuse.

Sihikindel eesti hobuse aretuse algas 1921. aastat, mil Haapsalus asutati hobuste tõuselts ja hakati pidama tõuraamatut.

Eesti hobust on aretatud peamiselt puhasaretuse teel. 

Hobuste veojõu, kehakaalu ja kõrguse suurendamiseks toodi aastail 1921…1938 Eestisse 13 soome täkku, kellest väljapaistvamate liinide rajajaks kujunesid Vuhti 136 E, Taru 149 E ja Lari 23 E liinid.

Kohalikest, aborigeense põlvnemisega täkkudest on tänaseni aretuses Ahti 228 E, Raspel 70 E , Taube 60 E ja Eni 8 E liin.

Eesti hobune on kantud Vabariigi Valitsuse 30. jaanuari 2001. a määruses nr. 42 (RT I 2001, 14, 64) toodud ohustatud taimesortide ja loomatõugude loetellu ning ÜRO FAO maailma ohustatud tõugude nimekirja.