Trakeeni hobune aretati 19. sajandil Saksamaal Ida-Preisi provintsis tarpanist põlvneva kohaliku hobuse baasil ja tõug baseerub Ida-Preisimaal kasvatatud trakeeni põlvnemisega soojavereliste hobuste populatsioonil, kus oma mõjud olid inglise täisverelisel ja araabia täisverelistel hobustel.
Eestisse on trakeeni hobuseid toodud 20. sajandi algul ja hiljem alates 1969. aastast. Eesti trakeenide populatsioon ongi peamiselt välja kujunenud 1960.-ndate aastate keskpaigast kuni 1985. aastani Venemaalt imporditud trakeeni tõugu märadest ja täkkudest ning nende järglastest.
05.08.1999. Eesti trakeenikasvatajad tulid Heimtali Hobusekasvanduse kutsel trakeeni haruseltsi moodustamiseks esmakordselt kokku Koosolijad otsustasid jätkata trakeeni tõugu hobuste puhasaretust ja korrastada dokumentatsioon selliselt, et see vastaks Saksa Trakeeni Liidu rahvusvahelistele nõuetele.
2004. aastal anti Eesti Hobusekasvatajate Seltsile (EHS) trakeeni tõugu hobuste aretusregistri pidamise ja tõudokumentide väljastamise õigus. Kuna Saksa Trakeeni Liit on trakeeni tõugu hobuste originaaltõuraamatu pidaja Euroopa Liidus ja tunnustatud ka kogu maailmas, siis trakeeni hobuste puhasaretusega tegelevad tõuaretusorganisatsioonid järgivad originaaltõuraamatu pidaja tõuaretusprogrammi oma tegevuste läbiviimisel..
21.september 2007 tunnustati Eestis 21 trakeeni märaperekonda ( EHS aastaraamat 2007). Aretusvõttena jätkati liin- ja perekondaretuse kasutamist.
